El agua de lluvia no es segura para el consumo humano a menos de que se someta a un tratamiento especial. Sin el tratamiento adecuado, la lluvia puede mezclarse con contaminantes de la atmósfera, polvo, partículas y microorganismos variados en el trayecto de las nubes a la tierra. Después, puede contaminarse con elementos que toquen, como techos u otros sitios en donde se recoge con hojas y troncos de árboles, insectos, heces de aves y de otros animales, productos químicos de limpieza y otros.

Se puede recolectar agua de lluvia para su uso en actividades no relacionadas con el consumo humano, como regar plantas, lavar autos, o incluso en sistemas de recolección de aguas pluviales para uso en el hogar, pero es esencial tratarla adecuadamente antes de considerarla segura para beber. El tratamiento del agua de lluvia generalmente implica filtración y desinfección para eliminar contaminantes y microorganismos. Completando con las regulaciones y recomendaciones sobre el uso del agua de lluvia, las cuales pueden variar según la ubicación geográfica y las leyes locales

Una de las iniciativas que se ha planteado con mucha fuerza en varios países, ante su escasez, ha sido la recolección del agua lluvia, una práctica que se ha vuelto muy exitosa y de gran ayuda para suplir las necesidades domésticas y agrícolas, en Namibia, Kenia, Corea, y Berlín. En un estudio realizado por investigadores de la Universidad Millitar Nueva Granada, de Colombia (http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0124), el sistema de tratamiento que mejor se desempeñó para la remoción de materia orgánica, color, sólidos y la bacteria, Escherichia coli, fue el de filtración con carbón natural seguida de la desinfección solar. Al mismo tiempo, se observó que almacenar el agua hasta por un periodo de 96 horas influye en la calidad inicial, por lo cual se considera importante utilizar recipientes de almacenamiento duraderos e inertes, cerrados para evitar el dengue, pero transparentes, para poder recibir rayos solares, evitar la contaminación del agua lluvia y que no exista ninguna perturbación en el sitio de almacenamiento. De esta forma, prevenir que todo material sedimentado sea resuspendido en el agua. Aunque los parámetros evaluados del agua lluvia tratada mediante el sistema seleccionado cumplen con la normatividad colombiana para consumo humano, en esta investigación no es posible afirmar si este tratamiento realiza una adecuada potabilización del agua lluvia. Por lo tanto, se recomienda incluir la evaluación de parámetros tales como nitrógeno, hongos, ensayos de toxicidad por metales pesados e incluso estudios de modelación de transporte de contaminantes atmosféricos que son esenciales para verificar la influencia de las nubes contaminadas en el comportamiento químico del agua lluvia

La buena noticia es que, para una de las sustancias más conocidas, el "ácido perfluorooctanoico (PFOA)", causante de cáncer, sus valores de referencia del agua, se han disminuido en 37,5 millones de veces en Estados Unidos. Esperamos que con una buena eliminación de estas sustancias por las empresas que las usan, se pueden también disminuir estos niveles en Colombia.