Giovanni Hernández fue presentado como técnico de Junior el 25 de julio de 2016, luego de la renuncia de Alexis Mendoza, entrenador que había llegado a tres finales con el equipo Tiburón y en una de ellas obtuvo la Copa Águila de 2015.
El vallecaucano llegó con mucha expectativa a Barranquilla y la hinchada lo recibió de buena manera, por ser uno de los ídolos como jugador del club barranquillero.
Sin embargo, su ciclo como entrenador no fue el mejor, ya que quedó eliminado del octagonal final de la Liga Águila, de los cuartos de final de la Copa Sudamericana y perdió de manera categórica frente Nacional en la final de la Copa Águila.
Hernández tuvo un buen arranque al mando del Junior, en los que en sus primeros once partidos, cosechó ocho triunfos, dos empates y una derrota, situación que en ese momento borró por la mente de la hinchada la catastrófica salida del anterior entrenador.
Pero, el equipo se fue desdibujando de a poco y su identidad de juego no aparecía por ningún momento, tanto así que duró 12 partidos sin ganar, en las tres competencias en las que participaba: Liga Águila, Copa Águila y la Copa Sudamericana.
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Esa irregularidad nunca se perdió con el transcurrir de los partidos siguientes a la mala racha mencionada.
El mal juego del equipo tuvo también como consecuencia la estrepitosa eliminación en los cuartos de final de la Sudamericana frente al Chapecoense de Brasil, que le propinó a Junior una goleada 3-0 en el partido de vuelta, en el país brasileño, y la eliminación a falta de dos fechas de las finales del fútbol colombiano.
A pesar de haber logrado clasificar a la final de la Copa Águila frente a Atlético Nacional, lo que parecía una ilusión para la afición de poder ganar algo este semestre, el resultado fue corto para la superioridad mostrada por los antiqueños en ambos partidos, en los cuales pasó por arriba al equipo barranquillero.
